Sebelum memulai pembelajaran, seluruh santri dan guru di lingkungan MTs. Alkhairaat Kota Gorontalo diawali dengan mengaji atau membaca Al-Qur’an bersama sebagai bentuk pembiasaan untuk menumbuhkan kecintaan terhadap Al-Qur’an serta memperkuat nilai-nilai spiritual dalam kehidupan sehari-hari.

Setelah mengaji, dilanjutkan dengan pelaksanaan shalat dhuha secara berjamaah dengan penuh kekhusyukan. Shalat dhuha menjadi sarana untuk memohon keberkahan, kemudahan, dan kelancaran dalam proses belajar mengajar yang akan berlangsung, sekaligus menanamkan kedisiplinan dalam beribadah.

Selanjutnya, arahan dari guru piket disampaikan kepada seluruh santri. Arahan tersebut berisi informasi penting, penegasan kedisiplinan, serta motivasi agar santri dapat mengikuti pembelajaran dengan baik. Rangkaian ini menjadi bagian dari pembentukan karakter religius, disiplin, dan tanggung jawab di lingkungan madrasah.